Diese index.php kannst Du ja einfach aus dem Downloadpaket nochmal neu hochladen.
Permalinks findest Du im Adminbereich unter Einstellungen ->
Permalinks. Wenn ich mir die Beitragslinks ansehe, würde ich sagen, dass dort irgendeine Permalinkstruktur eingestellt war, die von der Standardeinstellung abweicht. Demnach müsste auch eine
.htaccess Datei im
Rootverzeichnis vorhanden sein. Kann es sein, dass Du die nicht siehst, weil die versteckt ist? Überprüfe das mal mit Deinem
FTP Programm.