Installation duplizieren / Theme-Anpassungen teilweise verschwunden

Hallo allerseits,
folgende Situation macht mir ein paar Probleme. Ich habe eine bestehende Installation in einem Ordner namens "version1". Dort habe ich das Twenty Eleven Theme meinen Bedürfnissen etwas angepasst und auch die Header-Grafik verändert. Nun wollte ich zu Testzwecken eine weitere Instanz im Ordner "version2" erzeugen. (Innerhalb der gleichen Domain!)

So bin ich vorgegangen:
1. Backup der Datenbank
2. Kopie des Ordners "version1" nach "version2"
3. Anpassung aller Einträge im DB-Dump, die sich auf "version1" bezogen nach "version2"
3a. Änderung der siteurl etc.
3b. Änderung an den Pfaden zur Header-Grafik (der Name stand im Dump drin)
4. Anlegen einer neuen Datenbank (Hatte keine Lust die Präfixe der Tabellen auch noch zu ersetzen.)
5. Import des geänderten Dumps in die neue DB
6. Anpassung der wp-config.php in "version2" an die neue DB

Ergebnis: Alle Daten sind da wo sie sein sollen, die Anmeldung als Admin klappt, die Artikel sind da, alle Anpassungen an den CSS-Dateien sind logischerweise erhalten geblieben. Nur zwei Sachen stören mich: Die Headergrafik ist weg und stattdessen sind die wechselnden Default-Bilder von Twenty Eleven wieder da. Wechsle ich auf Design / Kopfzeile wird mir sofort meine hochgeladene Grafik vorgeschlagen und auch angezeigt (also kanns nicht an Zugriffsrechten liegen). Und zweitens sitzt das Häkchen bei "Zeige den Kopfzeilentext mit deinem Bild" wieder.

Das sind zwar nur zwei kleine Anpassungen, aber mich würde interessieren, warum das so ist. Und wie ich das verhindern kann. Was habe ich übersehen?

Ergänzung: Ich habe grade nochmal mein Import-File mit einem Dump der DB zu "version2" verglichen und die einzigen Abweichungen betreffen Kommentare innerhalb des Dumps, nicht in den Nutzdaten.

Viele Grüße,
Chris